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Mientras realizan una profunda excavación en un remoto planeta, la tripulación del USG Ishimura encuentra una antigua reliquia religiosa llamada The Marker (La Efigie en español) que se considera la prueba de la existencia de Dios.

La reliquia es desenterrada y llevada a bordo de la nave, donde es adorada por unos y despreciada por otros. Pero cuando el profano artefacto libera a una raza alienígena que había permanecido dormida durante largo tiempo, el momentáneo Paraíso se transforma en el vivo Infierno.

El caos es inmediato y la carnicería incontrolable. Una invasión nunca antes presenciada por la humanidad y se va a llevar a cabo para destruir la Tierra.